Charbel Makhlouf est né le 8 mai 1828, dans le petit village de Biqa-Kafra dans les hautes montagnes du nord du Liban. Ses parents, des paysans maronites, étaient pauvres mais religieux, et leur cinquième enfant a été attiré à un âge précoce par la prière et la solitude. En dépit de l'opposition de sa famille, il quitte sa maison à l'âge de vingt-trois ans et entre au monastère de Saint Maroun à Annaya. Ordonné prêtre de l’ordre libanais maronite en 1859, il reste moine seize ans avant d’obtenir l'autorisation de ses supérieurs de se retirer, le 15 février 1875 dans un ermitage, à proximité du couvent consacré aux saints Pierre et Paul.
Il vivra ainsi vingt-trois ans dans une cellule de six mètres carrés, couchant sur la paille, ne se nourrissant qu’une fois par jour des restes du monastère et célébrant chaque jour sa messe après une longue préparation suivie d’une aussi longue action de grâces.
En 1898, il sera victime d’un accident vasculaire cérébral pendant sa messe. Il décédera huit jours plus tard, la veille de Noël 1898. Les moines l’enterreront dans le caveau du monastère, mais à la suite des nombreux miracles qui se produisirent, plusieurs exhumations eurent lieu au cours desquelles on constata toujours la parfaite conservation du corps. Celui-ci repose toujours au monastère d’Annaya, désormais lieu important de pèlerinage.